• Titulo

    Reconocimiento de patrones adaptativos en proteínas amiloideas usando expresiones regulares
  • Autor (es) / Colaborador(es)

    Junior A. Altamiranda Pérez / José L. Aguilar / Francklin I. Rivas Echeverria / Luis Hernández / Raúl Isea
  • Institución

    Universidad de Los Andes - Facultad de Ingeniería - Postgrado en Ciencias Aplicadas
  • Tipo Documento

    Tesis doctoral
  • Resumen

    Español

    El objetivo principal de este trabajo consiste en la comparación y fusión de motivos de las proteínas amiloideas, extraídas de la base de datos AMYPdb, denotadas como expresiones regulares usando las reglas PROSITE. Así, nuestra tarea radica en analizar un conjunto de posibles motivos relacionados, y detectar si existe semejanza entre ellos. Nosotros creamos un algoritmo para comparar dos motivos de proteínas basadas en la técnica evolutiva de Programación Genética para generar la población de secuencias derivada de cada motivo bajo comparación. Además, asignamos un valor de similitud de motivos usando una Red Neuronal de Retropropagación como función de aptitud. El método de fusión de motivos utiliza un algoritmo de optimización combinatoria basado en Colonias de Hormigas. Nosotros usamos los aminoácidos del primer motivo para construir el grafo donde las hormigas caminaran. Entonces, el grafo es recorrido por las hormigas según un mapa de recorrido basado en los aminoácidos que componen el segundo motivo, usado por una función de transición que promueve seguir el camino entre aminoácidos semejantes. Las hormigas al caminar van dejando feromona en los nodos, tal que al final algunos tengan mucho feromona y otros poco, Finalmente, el grafo es recorrido nuevamente para construir la expresión regular resultante conformada por los nodos con la mayor concentración de feromona.